有关Docking的记录

下载Autodock以及AutoDockTools

Homepage

http://autodock.scripps.edu/downloads/resources/adt/index_html

下载蛋白质结构

https://www.rcsb.org/

https://www.uniprot.org/

蛋白质三级结构预测软件

www.swissmodel.expasy.org

Open babel软件可以各种蛋白格式的转换以及多个分子的mol2文件拆解

安装Python

安装PyMOL软件，对蛋白预处理，去水、加氢，导出为PDBQT受体文件

教育用途PYMol的注册https://pymol.org/edu/?q=educational

蛋白结构修复

https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/prepdock.html

口袋预测

https://proteins.plus/

Chimera软件打开口袋预测文件

小分子化合物库

https://zinc.docking.org/

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

小分子用Autodock加氢导出为pdbqt

Autodock设置盒子大小。

PyRx软件用于虚拟筛选有GUI

Vina也可虚拟筛选但是没有GUI界面，但是预测更准确